Krzysztof Kłaput jest rodowitym chrzanowianinem i posiada tytuł mgr inż. energetyki, uzyskany na Akademii Górniczo-Hutniczej w Krakowie. Ponadto, ukończył studia podyplomowe z zakresu zarządzania oraz szacowania nieruchomości.

Przed objęciem stanowiska dyrektora MZZK w Chrzanowie, Krzysztof Kłaput pełnił funkcję zastępcy prezesa ds. techniczno-eksploatacyjnych w Spółdzielni Mieszkaniowej im. T. Kościuszki w Krakowie. Wcześniej, od 2010 do 2021 roku, był dyrektorem ds. administracyjnych w Zespole Państwowych Szkół Muzycznych im. M. Karłowicza w Krakowie.