Na obecny wystrój wnętrza kościoła składają się głównie XIX-wieczne ołtarze i obrazy, stacje drogi krzyżowej, XVII-wieczny ołtarz św. Stanisława z czarnego marmuru, oraz wyjątkowo piękne kompozycyjnie i kolorystycznie witraże z ostatnich lat panowania austriackiego. Spośród ciekawych eksponatów z kościelnego wyposażenia należy wymienić monstrancję z XV w., wczesnobarokowy kielich mszalny z XVII w., barokową chrzcielnicę z czarnego marmuru dębnickiego (sprzed 1748 r.) oraz wielki żyrandol z wizerunkiem Orła Białego pochodzący z lat międzywojennych. Interesującym eksponatem znajdującym się w chrzanowskim kościele jest mozaikowy obrazek przedstawiający Madonnę z Dzieciątkiem, a będący darem papieża Leona XIII dla Henryka Loewenfelda (1888 r.), który papieski podarunek przekazał kościołowi św. Mikołaja w Chrzanowie. Pod kościołem mieszczą się podziemne krypty, w których spoczywają prochy dawnych właścicieli Chrzanowa, urzędników chrzanowskiego dworu oraz niektórych wybitnych mieszczan.
Obok kościoła, zapewne w tym samym czasie, wzniesiono wolno stojącą murowaną dzwonnicę. Wspominają ją XVI-wieczne dokumenty. Na murze dzwonnicy wmurowano w 2003 r. tablicę pamiątkową ku czci chrzanowian walczących o wolną i niepodległą Polskę w latach 1918-1920 i 1939-1989.